eSATAは、物理的なコネクタ以外は、ほぼSATAと等価に扱うことが出来ます。
　起動デバイスとしてはごねがちなUSBよりは、直接SATAポートをブラケットなどに引き出しておくと、レビューやテストに使う人や、注意力などに自信が無い人が複数のシステムを使いまわすのには、中身のHDDを交換するのと同じような効果が速度、利便性共に得られるので、そんなに悪いものではないのですが、サポートが面倒くさかったりするのか、積極的に広告をしないので広まらないし、広まらないから選択肢も多くないという状況の気はします。システムを入れてしまうと、外付けUSB機器の様に、ホットプラグで取り外しなんてやると不味いわけですが。eSATAのケースがリムーバブルだったり、そうじゃなくても小型だったりすると、ちょっと付け替えてテストなんてのには便利だったりするのですがね。

　USBは、基本的に「ホスト側」がAコネクタという規格のはずなので、物理的なスペースなどの問題なら、mini-USBか、Micro-USBのBコネクタで実装するほうが素直な気はします。Aコネクタの方が安かったのかもしれませんね。
　両方に使えるケーブルとコネクタっていう組み合わせも世の中にはあります（PDAなどのホスト側として使うこともある機器など）が、このハードウェアの場合は違いますね。
　まぁ、SATAの特性を享受出来ないような増設用とかの用途の場合は、USB2.0との二択のような状況じゃなければ、積極的にSATAを選択する理由は少ないかもしれませんし、NASや、ルータなどの増設用の場合は、ホスト側のパワーや、その先の状況もあって、速度差があっても、恩恵を受けにくい状況があったりしますので、その場合は、増設ポートの頭数とか、選択肢って程度の意味しか無いかもしれませんね。

＞Schrödingers Katzeさん

NETGEARの無線ルーターに「eSATA接続のHDDをぶら下げて」などと言う課題があって、「そのお蔭で選出された」と言う意味でとてもお世話になった「eSATA」なんですが、本当に普及率が低いと思います。
「その辺」の事を考えて、色々と「別のOSをインストール」みたいな事がしたくとも、結局は「対応したPC」を持っていませんし、わざわざインターフェイスを後付けするほどの物でもないし…。
何だかんだ文句を言いながらも、ケーブルは2本も持っています。

USBのレアなケーブルは、結局、無くした物はどこかへ行ってしまったようです。
「変換アダプター」の方が少し安上がりですね？

PC側は対応したりボードを増設する必要は無いです。
http://archive.kuroutoshikou.com/products/serialata/esata...
こんな感じで、内蔵のポートを外に引っ張ればいいだけなので。
少なくとも仕様上、SATAより、eSATAのほうが、着脱可能な回数が多く設定されているコネクタです。
長さやポートの数で幾つかありますがまぁ、「変換ケーブル」みたいなもんです。信号はブラケットの空きに引っ張り出すのがたいていの場合は一番安くつきます。
物理的な工作は必要でも、ソフトウェア的、ハードウェア的な対応、改造、拡張が最低限で済む、外付け化出来るのは、eSATAのメリットでもあるのです。
ボードを増設するとSATAポート自体が増えるので、それはそれで別の意味で便利ですけどその場合は、インターフェイスを増設したときのようなソフトウェア、ハードウェアなどの対応が必要になります。5インチベイがあれば、そっちにリムーバブルケースなんていう選択肢（この場合は、eSATAは関係なくてただのSATAですねｗ）もあるので、先に何にどういう風に使うのか？を考慮してから方法論を構築したほうが経済的な選択ができます。まぁ、用途次第ですよね。HDDだけだというなら、他に変なデバイスがぶら下がっているわけではないので干渉される可能性が低く、速度も内蔵HDD程度は出るということで、条件によってはそんなに悪く無いんですよ。