外付けHDDとWindows7両方の確認をされたのでしょうか？

市販の外付けHDDには省電力機能のあるものも少なくないですし、Windows7の「電源プランの設定の変更」→「詳細な電源設定の変更」→「ハードディスク」→「次の時間が経過後ハードディスクの電源を切る」時間の設定もあります。

前者の場合は変更できないケースもありますが、後者の場合は、デフォルトが20分で、ためしに10000分も設定できました。ただ、外付けHDDに有効かどうかはこちらでは未確認で、すみませんが、ご参考までに。

ケースをそのまま使うことを考えないのであれば、miniPCIeにいろいろ繋げられますよ。