基本的にシリーズ通して、現代のテンプル騎士団が過去の秘宝（超古代文明の遺産）のありかを知るために現代のアサシンをアニムスという機械を通して先祖の記憶を捜査する（プレイヤーはこれを操作する）というストーリー。

第1作では十字軍の頃のエルサレムやその周辺都市が舞台。

最強のアサシンと言われた、アルタイルは自分の過信から任務に失敗し、一人の仲間に負傷を負わせ、もう一人の仲間を死なせてしまう（先の負傷した仲間の弟）

さらにはアサシンの本拠地であるマシャフを危機に陥れてしまったことから、アサシン教団の指導者アル・ムアリムから見習いに降格され、復権のために指定した9人を暗殺することを命令されます。

アサシンの記憶の節目節目で現代偏が挿入され、テンプル騎士団の目的らしきものがわかってきます。

なお、この1作目はクリアすると話が終わっておらず、続編（II）に話が続いている終わり方になっています。