どうもタイマー周り/割り込み周りの互換性はあまり期待できないようですな。
まだパーツが届いてないので下調べ中ですが、音出力の定番のtoneライブラリも使えないようです
開き直って「スクラッチでアナログシンセ作るよ！」という方向で進めることにしましたｗ

タイマー割り込みの標準的（？）なライブラリ、
MsTimer2とFlexiTimer2も非対応を確認・・・

MsTimer2（FlexiTimer2） library only works on AVR architecture.

これは結構厳しいなぁ。
delayくらいしか使えない？？？

Manyaさんのスケッチで再現実験をしていたのですが、
attachInterrupt は今のところ機能していませんね。

というわけで、loopで digitalReadでポーリング。
delay(200)はちゃんとチャタリング除けに機能しますが、
こんな使い方は電力の無駄なんで,インテリジェントなコントローラと必要に応じて通信するしかないか。

volatile int state1 = HIGH;
volatile int state2 = HIGH;
void setup(){
pinMode(12,OUTPUT); //LED1 12ピン
pinMode(13,OUTPUT); //LED2 13ピン
}

void loop(){
int btnState;
btnState = digitalRead(2);
if (btnState == HIGH) {
state1 = !state1;
}
delay(200);
digitalWrite(12,state1); //動作確認用LED点灯
digitalWrite(13,state1); //動作確認用LED点灯
}

microSDカードから起動させようと試みているのですが、
スケッチが保存されない事から、どうもうまくいっていないようです。

microSDカードからの起動に成功している方はいらっしゃいますか？

Linux側はさわってないですが、
LINUX IMAGE FOR SD for Intel Galileo導入してからはスケッチ保存されるようになりましたよ。

下記リンクのバージョンを解凍してSDのルートに入れたら起動しました。
Linux側の機能として、LANにつないでいればデフォルトでSSHでのアクセスができました。WinSCPなどで接続するとスケッチの保存フォルダを直接確認できると思います。
https://downloadcenter.intel.com/Detail_Desc.aspx?lang=jp...

attachInterruptでエッジトリガがかからないの件は関数仕様の違いだったようです。

とは言え疑似割り込みでレーテンシーは大きいようです。

Manyaさん kilifさん
ありがとうございます。
ダウンロードしているものは同じようです。
Galileo_GettingStarted_329685_005.pdf に従ってdiskpartもしました。

解凍したファイル群が、
Windows8のVAIOではエクスプローラがフリーズして書き込めず、
LinuxのVAIOで書き込んだのですが起動できない状況です。
他のWindowsでも試してみます。

つきさん

Troubleshooting issues with booting Linux from SD Card によると、sd card からの boot は firmware の update が必須みたいですが、その辺りはどうでしょうか？

SDカードの相性は結構あるみたいですね。Cannot boot the board from SD card

>>14
ということは定刻にイベントを発生させるということが出来ないのでしょうか…。