WHS用としては定番？
というよりこれぐらいしか選択肢ないので、
私も使ってます。
WHSコンソールからクライアントPCの一元管理できるのは便利そうですよね。
クライアントPC用は別のソフトのライセンスが生きている為統一してませんが、
次の更新タイミングでは検討してみるつもりです。

Manyaさん、コメントありがとうございます。

自分もWHSセキュリティで選択肢があまり無かったため、avastになりました。
現在、クライアントはMSSEに切り替えつつあるため、新しいWHSとして用意した
HPのEX490は、どうするか検討中です。

ちなみにEX490は core2quad Q9400S をいれたので、動作はいい感じです。

Manyaさんのところでコメントさせていただきましたが、
MSSEのサーバー版： Microsoft　Endpoint Protection 2010 は
1 ,104 円 / 1 ユーザーまたはデバイス (年間) で購入できるようです。
http://www.microsoft.com/japan/forefront/endpoint-protection/pricing-licensing.mspx

Microsoftですから、WHSは対応していると思いますよ。

対応外だったMultiPointServerも、互換モードで普通にインストールできて、
毎夜、パターンファイルをダウンロードして、指定したスキャンを実行しています。